Les troupes de Marine ont été licenciées et versées dans les bataillons d’infanterie de volontaires. Ce sont des volontaires nationaux que l’on formera hâtivement au service des pièces qui serviront de garnison aux vaisseaux.
La mesure est politique : on se méfie d’un corps structuré que l’ on a vu se rallier aux fédéralistes à Toulon en 1793.
Elle est catastrophique sur le plan opérationnel maritime: les nouvelles recrues volontaires à peine amarinées sont inefficaces. Par contre les anciennes troupes de Marine engagées dans des combats terrestres sont solides et les généraux savent pouvoir compter sur elles. C’ est ainsi qu’ on les retrouvera à lutter dans le camp républicain au cours de la guerre de Vendée.
A la fin de 1795, la Convention a enfin compris la nécessité de troupes de Marine spécialisées et en octobre est décidé l’organisation de
7 demi-brigades d’artillerie de Marine. Trois demi-brigades sont basées à Brest, une à Lorient, une à Rochefort et deux à Toulon.
Comme au par avant des détachements d’artilleurs de Marine forment la garnison des vaisseaux associés à des compagnies de troupes de Ligne embarquées. Ils participent à tous les combats navals de la période .
Le Consulat a chassé le Directoire en faillite financière et militaire. Après avoir rétabli, avec le général Moreau, la situation militaire, Bonaparte réquisitionne les artilleurs de Marine. Il les a vu à l’ œuvre lors de son expédition d’ Egypte, et sait que ce sont des troupes solides aussi bien sur mer que sur terre.( Note )
Note Lors de l expedition d’Egypte ( 1798-1801) ils vont aider à la prise de Malte puis soutenir le siège pendant plus de deux ans.
Les rescapés du combat naval d Aboukir vont encadrer la Légion Nautique et former en plus deux bataillons ( un avec l artillerie de l Armée et un à Alexandrie) et une compagnie d'ouvriers.
Les artilleurs de Marine vont servir en Haute Italie en fin 1799 , début 1800, soit en Ligurie( Gênes) soit pour armer de petites flottilles sur les grands lacs italiens.
Dès septembre 1800, Bonaparte prélève dans les sept demi brigades d artillerie de Marine des compagnies, dite de grenadiers, pour en former une unité d'élite. Regroupées en quatre bataillons, les compagnies rallient le corps d Observation du Midi sous le commandement de Murat, qui doit prendre le contrôle du royaume de Naples ;
Au début de 1801,suite à la paix signée avec les Napolitains ( traité de Florence) , les artilleurs de Marine sont chargé d’ occuper leurs ports et notamment Tarente et Otrante. Le stationnement des troupes françaises va durer jusqu’ en 1803.
Beaucoup d’ artilleurs de Marine, sont envoyés dans des bataillons spéciaux pour les Antilles, en 1802, suite à la Paix d’Amiens. Les malheureux y succomberont en masse de la fièvre jaune.
En 1803, les sept demi brigades d Artillerie de Marine sont regroupées en quatre régiments. Les grenadiers de la Marine sont remis dans les effectifs .